内蒙古自助区助学管理中心是为进一步做好自治区各级各类学校家庭经济困难学生资助工作而设立的。

2005年7月，经内蒙古自治区机构编制委员会批准，成立“内蒙古自治区学生贷款管理中心”，负责落实自治区普通高校国家助学贷款政策。2007年9月，为进一步做好自治区各级各类学校家庭经济困难学生资助工作，自治区机构编制委员会批准，将“内蒙古自治区学生贷款管理中心”更名为“内蒙古自治区助学管理中心”。

负责贯彻落实国家和自治区各项学生资助政策；负责全区高校学生助学贷款及奖助学金管理等工作；组织、协调相关部门开展学生资助政策宣传工作；承担社会团体、企事业单位等捐助的贫困学生资助资金管理；参与研究制定自治区学生资助政策措施，指导、监督、检查各地和各级各类学校学生资助工作。

1.综合科：负责中心日常事务管理工作，综合协调中心各内设科室信息交流，保障中心重点工作承接承办；组织开展中心党务工作；负责中心内部规章制度建设以及公文登记、运转、档案等管理工作；负责中心各项财务管理、事业经费管理与会计核算工作，负责中心人事、劳资、保险、资产管理等工作。

2.高校学生资助科：参与制定高校学生资助政策措施；贯彻落实国家和自治区高校助学贷款、奖助学金、自治区城乡低保家庭子女新生入学政策、社会捐资助学资金分配及落实等工作。组织实施全区普通高校学生资助工作的指导、监督、检查；开展高校资助政策宣传、咨询、培训与信访投诉处理等工作。

3.中小学（含高中教育阶段）学生资助科：参与制定和完善学前教育、普通高中、中等职业学校学生资助政策；管理、维护学前教育、普通高中、中等职业学校学生资助信息系统；负责学前教育资助、高中教育阶段“两免”及国家助学金政策落实；社会捐资助学资金分配及落实；监督检查、考核评估盟市学前教育、普通高中、中等职业学校学生资助工作；开展学前教育、高中阶段教育学生资助政策宣传、咨询与信访工作。